Ser el organismo oficial que de representatividad a las Facultades, Escuelas, Institutos y Departamentos de Odontología afiliadas.
Pugnar por el mejoramiento de la educación odontológica de la República Mexicana, tanto en Licenciatura como en Posgrados, pugnando por la generación de conocimientos orientados en lo Científico, Humanístico y Social.
Fomentar la Educación Continua, la Investigación Educativa y el intercambio de experiencias Científico-Pedagógicos a Nivel Nacional e Internacional para beneficio de los miembros de la FMFEO y del país.
Fungir como directriz asesora de la planeación, superación y acreditación de los planes y programas de estudio y evaluación de la enseñanza de la Odontología, de las Instituciones de educación Odontológica, emitiendo recomendaciones y documentos referentes a las Universidades e Instituciones Odontológicas.
Contribuir con las autoridades Estatales, Federales e Internacionales, en la reglamentación y actualización de normas y Leyes relacionadas con la enseñanza de la profesión odontológica.
Fomentar la participación estudiantil, a través de la movilidad y el intercambio, pugnando por la realización de eventos académicos, científicos y de servicio.